سعد در جنگ خندق زخمی شد؛ مردی از قریش که به او حبان بن عَرِقَه گفته می شد، تیری به سوی سعد پرتاب کرد که به شاهرگ او برخورد نمود؛ بنابراین رسول الله صلی الله علیه وسلم برای او خیمه ای در مسجد برپا نمود تا او را از نزدیک عیادت کند.

از عایشه رضی الله عنها روایت است که می گوید: سعد در جنگ خندق زخمی شد؛ مردی از قریش که به او حبان بن عَرِقَه گفته می شد و نام وی حبان بن قیس بوده و از بنی معیص بن عامر بن لؤی بود، تیری به سوی سعد پرتاب کرد که به شاهرگ او برخورد نمود؛ بنابراین رسول الله صلی الله علیه وسلم برای او خیمه ای در مسجد برپا نمود تا او را از نزدیک عیادت کند؛ زمانی که رسول الله صلی الله علیه وسلم از خندق بازگشت، سلاح خود را بر زمین گذاشت و غسل نمود؛ در این هنگام جبریل علیه السلام درحالی که گرد و غبار را از سرش دور می کرد، نزد ایشان آمد و گفت: «قد وَضَعْتَ السِّلاَحَ؟ وَاللَّهِ مَا وَضَعْتُهُ، اخْرُجْ إِلَيْهِمْ»: «سلاح بر زمین گذاشتی؟ به الله سوگند سلاح به زمین نگذاشتم، به سوی آنها خارج شو». رسول الله صلی الله علیه وسلم فرمود: «فَأَيْنَ؟»: «به کجا؟» پس به سوی بنی قریظه اشاره نمود. این بود که رسول الله صلی الله علیه وسلم نزد آنان رفت و آنان به حکم ایشان راضی شدند که حکم را به سعد سپرد؛ و سعد گفت: من در مورد آنها چنین حکم می کنم که جنگجویان آنها کشته شود و زنان و فرزندان شان اسیر شوند و اموال آنها تقسیم گردد.
هشام می گوید: پدرم از عایشه رضی الله عنها به من خبر داد که: سعد گفت: یا الله، تو می دانی که نزد من چیزی محبوب تر از جنگیدن با کسانی نیست که فرستاده ات را تکذیب کردند و او را بیرون نمودند؛ یا الله، گمان من این است که جنگ ما و آنها را به پایان رساندی، اگر جنگ با قریش ادامه دارد، مرا زنده نگه دار تا در راه تو با آنها جهاد کنم و اگر جنگ را به پایان بردی، زخمم را بشکاف و آن را سبب مرگم بگردان؛ و این بود که زخمش شکافته شد؛ در مسجد خیمه ی دیگری متعلق به بنی غفار بود که خون جاری از سعد به سوی آنها می رفت؛ بنابراین گفتند: ای اهل خیمه، این چیست که از سوی شما نزد ما می آید؟ و آن خونی بود که از زخم سعد جاری شده بود و در اثر آن فوت شد.